Organizira i usklađuje proces rada u Zavodu, predlaže poslovnu politiku i mjere za njeno provođenje.
U ovoj organizacijskoj jedinici obavljaju se poslovi: ravnatelja, zamjenika ravnatelja, pomoćnika ravnatelja, glavnog tehničara Zavoda, tajnice ravnatelja te poslovi zaštite na radu.
Ravnateljica:
izv.prof.dr.sc. Nataša Turić
Zamjenica ravnateljice:
doc.dr.sc.Arlen Antolović-Požgain, dr.med.,spec.kliničke mikrobiologije
Pomoćnik ravnateljice za kvalitetu:
Hrvoje Sučić, mag.med.lab.diagn.
Pomoćnica ravnateljice za financijsko poslovanje:
Davorka Šalavarda, mag.oec.
Upravno vijeće upravlja Zavodom. Upravno vijeće Zavoda ima pet članova i čine ga predstavnici: Osnivača (predsjednik i dva člana), radnika Zavoda (dva člana).
Marija Vrkić, dipl.iur. – predsjednica
Miroslav Kosanović, mag. oec. – zamjenik predsjednice
dr.sc. Antonija Huljev – član
Magdalena Perić, mag. med. lab. diagn. – član
Magdalena Sikora, prof. bio. i kem. – član