Stručno vijeće imenuje ravnatelj i čine ga najmanje voditelji organizacijskih jedinica ustrojene za obavljanje djelatnosti Zavoda. Predsjednika Stručnog vijeća biraju između sebe članovi Stručnog vijeća. U radu Stručnog vijeća mogu sudjelovati i zdravstveni suradnici. Ravnatelj ne može biti predsjednik niti član Stručnog vijeća.
Hrvoje Bekina, voditelj Službe za dezinfekciju, dezinsekciju i deratizaciju - predsjednik
Davorka Šalavarda, mag.oec. voditeljica Službe za nabavu - član
Snježana Benkotić, dipl.inž., voditeljica Službe za zdravstvenu ekologiju - član
Marija Kribl, dr. med. spec.ob.med., voditeljica Centra za zdravstvenu zaštitu mentalnog zdravlja, prevencije i izvanbolničkog liječenja ovisnosti - član
izv.prof.prim.dr.sc. Senka Samardžić, dr.med. specijalist javnog zdravstva, voditeljica Službe za javno zdravstvo - član
Nikola Kraljik, dr.med.spec.javnog zdravstva, voditelj Službe za epidemiologiju - član
Vesna Buljan, dr. med. spec.šk.med., voditeljica Službe za školsku i adolescentnu medicine - član
doc.dr.sc. Arlen Antolović-Požgain, dr. med. spec.klin.mikrob.,voditeljica Službe za kliničku mikrobiologiju - član
Hrvoje Sučić,mag.med.lab.diag. voditelj Jedinice za osiguranje i unapređenje kvalitete zdravstvene zaštite - član
Stručni kolegij je tijelo koje u svakoj organizacijskoj jedinici Zavoda koja obavlja zdravstvenu djelatnost razmatra pitanja iz područja stručnog rada njegove djelatnosti. Stručni kolegij čine svi radnici i suradnici visoke stručne spreme pojedine organizacijske jedinice.
Etičko povjerenstvo je tijelo koje osigurava obavljanje djelatnosti Zavoda na načelima medicinske etike i deontologije. Etičko povjerenstvo imenuje Upravno vijeće i ima pet članova (predsjednik i četiri člana) od toga najmanje dva člana suprotnog spola. Jedan član koji je predstavnik nemedicinskih struka ujedno je član koji nije radnik Zavoda.
izv.prof.prim.dr.sc. Senka Samardžić, dr.med. specijalist javnog zdravstva - predsjednica
Hrvoje Sučić, mag.med.lab.diagn. - član
Nevia Balog, mag.iur.-član
dr.sc. Tomislav Dijanić, dr.med. specijalist epidemiologije - član
doc.dr.sc. Arlen Antolović-Požgain, dr.med. speijalist kliničke mikrobiologije - član
Povjerenstvo za kvalitetu je tijelo koje osigurava kontrolu kvalitete zdravstvene zaštite te osigurava provođenje propisa s područja kvalitete zdravstvene zaštite. Povjerenstvo za kvalitetu imenuje Upravno vijeće i ima sedam članova, s time da je po jedan član radnik pojedine organizacijske jedinice Zavoda koja obavlja zdravstvenu djelatnost.
dr.sc. Magdalena Perić, dipl.ing.med-lab. dijagnostike - predsjednik (Služba za kliničku mikrobiologiju)
Mirta Eberhard, mag.biol. - član (Služba za zdravstvenu ekologiju)
Jasmina Bilandžija, mag.sanit.inž. - član (Služba za epidemiologiju)
doc.prim dr.sc. Vesna Bilić- Kirin, dr.med.spec.šk.med. - član (Služba za školsku medicinu)
mr. Marija Kribl, dr.med.spec.obiteljske medicine, subspecijalist iz alkoholizma i drugih ovisnosti – adiktologije - član (Centar za zdravstvenu zaštitu mentalnog zdravlja, prevencije i izvanbolničkog liječenja ovisnosti)
Martina Polčić, mag.med.techn. – član (Služba za javno zdravstvo)
Hrvoje Bekina, mag.biol.exp. - član (Služba za dezinfekciju, dezinsekciju i deratizaciju)
Povjerenstvo za lijekove je tijelo koje osigurava provedbu svih aktivnosti vezanih uz primjenu lijekova i medicinskih proizvoda u zdravstvenoj ustanovi. Povjerenstvo za lijekove imenuje Upravno vijeće i čini ga najmanje pet članova koji se imenuju iz redova specijalista medicine, dentalne medicine ili farmacije.
Ivana Mihin-Huskić, dr.med.spec.epidemiologije - predsjednik
Dolores Juretić-Kovač, dr.med.spec.školske medicine - član
Dinko Paulić, dr.med.spec.kliničke mikrobiologije - član
Ksenija Kretonić, dr.med.spec.epidemiologije - član
izv.prof.prim.dr.sc. Senka Samardžić, dr.med. specijalist javnog zdravstva - član