Početci protuepidemijske zaštite u Osijeku vezujemo uz početke 18.st.,kada su epidemije,poput kuge i kolere ,desetkovale stanovništvo na području Slavonije i Srijema.
Međutim,uspostavljanje trajne protuepidemijske zaštite u cijeloj Habsburškoj monarhiji,pa tako i u Hrvatskoj,trajao je od vremena Karla III. (1710-1740.),sve do normativa iz doba carice Marije Terezije (1740.-1780.),kada je čitavo javno zdravstvo regulirano,, Zdravstvenim normativom''Gerarda von Swietena,1770.godine.
1906.godine prvi put su naglašene i preventivne mjere koje je trebalo provoditi radi zaštite ljudskog zdravlja.
Nakon Prvoga svjetskog rata dolazi do odvajanja higijenske službe od zdravstvene djelatnosti,a
u provođenju te reorganizacije i u unapređivanju zdravstvene službe osobito se istaknuo dr. med. Andrija Štampar , načelnik za socijalnu higijenu pri Ministarstvu narodnoga zdravlja, koji je u razdoblju od 1921. do 1931. temeljito reformirao javno zdravstvo.
Rezultat tih nastojanja bilo je osnivanje domova narodnoga zdravlja diljem države,a intenzivno se radilo i na prosvjećivanju stanovništva.
Budući da u tom poratnom razdoblju u Osijeku nije bilo javnozdravstvene službe te namjene, 1926.godine otvoren je Dom narodnoga zdravlja pri Općoj bolnici (Odjel današnje Neurologije Kliničke bolnice u Osijeku) u Donjem gradu.
Otvaranjem Doma narodnoga zdravlja s brojnim službama osigurana je u gradu na Dravi bolja zdravstvena zaštita stanovništva, i to dispanzerskom i protuepidemijskom službom.
Sustav zdravstvene zaštite uključivao je od ljeta 1925. i ,tek osnovanu, Bakteriološku stanicu, koja je izdignuta na stupanj zavoda i te godine promijenila ime u Epidemiološki zavod.
Nakon upravne reforme na razini države i usvajanjem "Uredbe o ustrojstvu oblasnog odbora Osječke oblasti" od 1928. uspostavljeno je 8 odjela za područja javnoga života od posebnoga interesa za društvenu zajednicu.
Te se godine Epidemiološki zavod potpuno uklopio u rad Doma kao njegova specijalizirana Sanitarno-epidemiološka služba koja je ,sve do završetka Drugoga svjetskoga rata, djelovala na suzbijanju zaraznih bolesti, otkrivanju kliconoša i uspostavljanju epidemioloških mjera. Njegovi stručni zaposlenici obavljali su i dezinsekciju, dezinfekciju i deratizaciju.
Poveznice na djelatnosti zavoda danas:
- Ravnateljstvo
- Jedinica za osiguranje i unapređenje kvalitete zdravstvene zaštite
- Služba za epidemiologiju
- Služba za javno zdravstvo
- Služba za mikrobiologiju
- Služba za školsku medicinu
- Služba za zdravstvenu ekologiju
- Služba za dezinfekciju, dezinsekciju i deratizaciju
- Centar za zdravstvenu zaštitu mentalnog zdravlja, prevenciju i izvanbolničko liječenje bolesti ovisnosti
- Služba za računovodstvo i financijske poslove
- Služba za pravno-kadrovske i opće poslove
- Služba za nabavu